Projekt Integralni sistem poplavno vzdržnega prostorskega načrtovanja Trajanje projekta: 1. januar 2016–31. december 2018 Vodja projekta: dr. Barbara Goličnik Marušić Šifra: J5-7178
Projekt Preučevanje mikrobioma kraških podzemnih voda z novejšimi pristopi v metagenomiki Trajanje projekta: 1. julij 2014–30. junij 2017 Vodja projekta: dr. Blaž Stres Šifra: J1-6741
Projekt Modeliranje hidrološkega odziva nehomogenih povodij Trajanje projekta: 1. januar 2016–31. december 2018 Vodja projekta: Mitja Brilly (Fakulteta za gradbeništvo in geodezijo, Univerza v Ljubljani) Šifra: J2-7322 (D)
Projekt Raziskave za opredelitev in preprečevanje obremenjevanja vodozbirnega zaledja Jelševniščice in Otovca, s posebnim ozirom na habitat črne človeške ribice Trajanje projekta: 1. oktober 2021–30. september 2023 Šifra: V1-2139
Program Raziskovanje krasa Trajanje programa: 1. januar 2022–31. december 2027 Vodja programa: Izr. prof. dr. Nataša Ravbar Šifra: P6-0119 (B)
Projekt Ekohidrološka študija prostorsko-časovne dinamike v kraških kritičnih conah v različnih podnebnih razmerah Trajanje projekta: 1. januar 2021–31. december 2024 Vodja projekta: Izr. prof. dr. Nataša Ravbar Šifra: NK-0002
Projekt Žvepleni izviri v Sloveniji s krasoslovnega vidika in njihova mikrobiota Trajanje projekta: 1. februar 2008–31. januar 2011 Šifra: J6-0152-0618-08
Projekt Informacijsko-tehnološka mreža za integriranje dolgoročnih ekoloških, biodiverzitetnih in socioekonomskih raziskav na krasu: LTER-Slovenija Trajanje projekta: 1. februar 2008–31. januar 2011 Šifra: J7-0546-0618-08
Projekt Pehotna strelišča kot dejavnik tveganja za okolje s poudarkom na ekološki sanaciji pehotnega strelišča na vojaškem poligonu Poček Trajanje projekta: 1. avgust 2007–31. julij 2009 Vodja projekta: dr. Boštjan Pokorny, ERICO Velenje Šifra: M3-0213
Projekt Razvoj modelov speleogeneze v epifreatični coni v pogojih časovno spremenljivega dotoka Trajanje projekta: 1. november 2008–30. april 2012